O nastalé situaci se rozhodně nedá říci nic dobrého. Rok 2084 se nese ve znamení zhroucení utopie a rozpadu společnosti. Mega Primem otřásají nepokoje. Kromě toho je jeho území setrvale vystavováno útokům ze strany podlých mimozemšťanů. Ti sem přicházejí tzv. dimenzními branami. Vlivem toho se město ocitá v obležení neznámým nepřítelem. Jeho flotily zastírají slunce a výhled na nebe, mimozemské příšery terorizují město i jeho obyvatele, všude nastává chaos… To je válka. To je Apokalypsa. Existuje vůbec šance na záchranu?
Ve vašich rukou nyní leží osud celého města. Nezklamte jej a zhostěte se svého úkolu hrdě a neohroženě. Je třeba, abyste, jakožto velitel X-COMU, odhalil smrtící plány mimozemské agrese a naplánoval strategii obrany a boje proti ní. K dispozici máte možnost vytvářet novější a ničivější zbraně. Avšak pozor. Nepřítel je lstivý. Proto je třeba počítat se vším. Mimozemská infiltrace města a jeho politických organizací vás totiž může dostat až pod palbu kriminálních gangů, náboženských sekt, a dokonce i policie!